Bioinformatiker/Data scientist (klinisk proteomik)

Arbetsuppgifter

Affinity Proteomics-Stockholm faciliteten (https://www.scilifelab.se/facilities/affinity-proteomics/) är en del av plattformen Proteomik vid SciLifeLab (https://www.scilifelab.se/). Gruppen tillhör även Institutionen för proteinkemi vid Skolan för kemi, bioteknologi och hälsa vid KTH. Vårt fokus ligger på biomarkörer i kroppsvätskor.

Vi söker en data scientist med inriktning mot klinisk proteomik samt studier för upptäckt och validering av biomarkörer. Tjänsten kommer att fokusera på att bygga robusta arbetsflöden för datahantering och analys för stora epidemiologiska kohorter och kliniska projekt, samt att stödja både användarspecifika analyser och interna projekt. En central del av arbetet är utveckling av pipelines och applikationer för kvalitetskontroll av data, liksom metoder för att analysera och integrera olika typer av kliniska och proteomikdata över flera plattformar. Den framgångsrika kandidaten kommer även att stödja harmonisering av data mellan plattformar och bidra med högkvalitativ bioinformatisk expertis i gemensamma valideringsstudier, för att säkerställa att SciLifeLabs proteomikinfrastruktur fortsätter att vara en hörnsten inom precisionsmedicin.

Kvalifikationer

Krav

• Utbildning: Avlagd examen på grundnivå eller avancerad nivå (högskoleutbildning) inom bioinformatik, beräkningsbiologi, biostatistik eller annat närliggande område inom life science, med omfattande relevant erfarenhet (4+ år).
• Programmering: Avancerad kompetens i Python, R eller liknande programmeringsspråk.
• Bioinformatisk bakgrund: Erfarenhet från industri eller akademi av att tillämpa data science inom studier för upptäckt och validering av biomarkörer, klinisk forskning eller translationell forskning
• Arbetsflöden: Dokumenterad erfarenhet av att utveckla och implementera arbetsflöden för analys av biologiska data (t.ex. proteomik, genomik, transkriptomik eller multi-omics).
• Kommunikation: Mycket goda kunskaper i engelska, både muntligt och skriftligt, samt förmåga att arbeta i internationella och tvärvetenskapliga forskningsmiljöer med en positiv inställning till serviceinriktat arbete.
• Personliga egenskaper: Som person är du kommunikativ, en lagspelare, självgående, mål- och resultatorienterad, noggrann i dokumentation, flexibel samt har ett kreativt och lösningsorienterat förhållningssätt

Meriterande

• Avancerad examen: Masterexamen eller doktorsexamen inom bioinformatik, beräkningsbiologi, biostatistik eller relaterat område och/eller 5–10+ års relevant erfarenhet är meriterande.
• Multi-omics-integration: Erfarenhet av att integrera proteomikdata med andra omics-datatyper.
• Specialiserade färdigheter: Dokumenterad erfarenhet av analys av affinitetsproteomikdata (t.ex. Olink, SomaScan, Luminex, Quanterix). Erfarenhet av verktyg för datavisualisering (t.ex. ggplot2, seaborn, Shiny, Plotly).
• Tillämpningar: Erfarenhet av biomarkör- och epidemiologiska studier, inklusive överlevnadsanalys, longitudinell modellering, multivariat analys och bayesiansk statistik. Erfarenhet av statistisk modellering, maskininlärning och AI-metoder tillämpade på biomedicinska data är meriterande.
• Klinisk proteomik: Erfarenhet av kliniska prövningsdata, real-world evidence (RWE) samt biomarkördrivna studiedesigner är ett starkt plus. Kännedom om regulatoriska krav (t.ex. FDA, EMA) för biomarkörvalidering och companion diagnostics är meriterande.
• Medvetenhet om mångfalds- och likabehandlingsfrågor med särskild fokus på jämställdhet.

Vi kommer lägga stor vikt vid personliga egenskaper.

Bli en del av KTH  

KTH formar framtiden genom utbildning, forskning och innovation. Som ett ledande internationellt tekniskt universitet spelar vi en aktiv roll i att driva och medverka i omställningen till ett hållbart samhälle. Här erbjuds du möjligheten att växa och utvecklas på en kreativ och dynamisk arbetsplats med goda arbetsvillkor och förmåner. Jämställdhet, mångfald och lika villkor är en kvalitetsfråga och en självklar del av KTH:s värdegrund som universitet och statlig myndighet.

Läs mer om våra förmåner och hur det är att arbeta och utvecklas på KTH.

Fackliga representanter

Kontaktuppgifter till fackliga representanter. 

Ansökan

Du ansöker via KTH:s rekryteringssystem. Du som sökande har huvudansvaret för att din ansökan är komplett när den skickas in.

Ansökan ska innehålla:

CV inklusive relevant yrkeserfarenhet och kunskap. Kopia av examensbevis och betyg från dina tidigare universitetsstudier. Översättningar till engelska eller svenska om de ursprungliga dokumenten inte utfärdas på något av dessa språk. Personligt brev, max 2 sidor långt 

Ansökan ska vara KTH tillhanda senast sista ansökningsdagen vid midnatt, CET/CEST (CentralEuropean Time/Central European Summer Time).

Om anställningen 

Anställningen gäller tillsvidare enligt avtal.
Anställningen inleds med sex månaders provanställning.

Övrigt

För information om behandling av personuppgifter i samband med rekrytering.

Det kan förekomma att en anställning hos KTH är placerad i säkerhetsklass. Om så är fallet för just denna anställning görs en säkerhetsprövning av sökande i enlighet med säkerhetsskyddslagen (2018:585) efter samtycke. I dessa fall är en förutsättning för anställning att sökande blir godkänd efter säkerhetsprövning.

Vi undanber oss direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av platsannonser.