Doktorand inom AI-baserad multispecies coalescent och artsavgränsning

Projektbeskrivning

Forskarutbildningsämne: Datalogi

Projektet fokuserar på att förbättra artsavgränsning inom biodiversitetsbevarande genom moderna metoder inom artificiell intelligens (AI). Traditionella metoder för artsavgränsning, som baseras på morfologiska egenskaper, har svårt att hantera grupper som bakterier och mossor, där morfologin antingen är mycket plastisk eller obefintlig. För att dokumentera och bevara de många ännu oidentifierade arterna, varav många är nära utrotning, föreslår projektet att utnyttja AI-framsteg för förbättrad artsavgränsning.

Storskaliga initiativ som International Barcode of Life och Earth Biogenome Project arbetar redan med att karakterisera och sekvensera DNA från miljontals arter. Dock finns det beräkningsmässiga utmaningar i att använda dessa omfattande genomiska dataset för artsavgränsning. Multispecies coalescent (MSC)-modellen erbjuder en ram för att förstå genealogiska relationer och genetisk divergens mellan arter, men dess komplexitet kräver nya metoder för effektiv analys.

Detta projekt syftar till att använda metoder inom variationsinferens (VI), förstärkta av AI-teknologier som normaliserande flöden, grafneurala nätverk och transformermodeller, för att representera sannolikhetsfördelningar över träd och förbättra MSC-estimering. Dessa teknologier har visat betydande förbättringar inom fylogenetisk analys jämfört med traditionella Bayesianska metoder, och denna kapacitet för förbättringar kommer att ha en ännu större inverkan på den mer komplexa MSC-modellen.

Projektet kommer att utveckla en effektiv ram för att konstruera art- och genträd under MSC-modellen. Målet är att uppnå analyskapacitet på genomnivå, inklusive alla genfamiljer för de studerade arterna och ett stort antal arter. Slutligen kommer en ram som utnyttjar coalescent-modellen för artsavgränsning att utvecklas och tillämpas.

Handledning: Jens Lagergren föreslås handleda doktoranden. Beslut tas vid antagning

Vi erbjuder

• Möjligheten att doktorera i en dynamisk, internationell forskarmiljö i samarbete med industrin och framstående universitet världen över.
• En arbetsplats med många anställningsförmåner och månadslön enligt KTH: s avtal för doktorandlöner.
• Forskarutbildning vid ett lärosäte som är aktivt och stöttande i frågor som rör t.ex. arbetsvillkor, jämställdhet och mångfald samt studiemiljö.
• Arbete och studier i Stockholm med närhet till natur och hav.

Behörighet för antagning

För att bli antagen till forskarutbildning (kap 7 39 § högskoleförordningen) krävs att den sökande har grundläggande behörighet:

• avlagt en examen på avancerad nivå, eller
• fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller
• på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Utöver ovanstående  finns också ett obligatoriskt krav på engelska motsvarande Engelska B/6.

Urval

För att lyckas med dina doktorandstudier på KTH behöver du vara målinriktad och ihärdig i ditt arbete. Vid urval av de sökande bedöms förmågan att:

• självständigt driva sitt arbete framåt,
• kunna samarbeta med andra,
• ha ett professionellt förhållningssätt och
• analysera och arbeta med komplexa frågor.

Efter behörighetskraven kommer stor vikt läggas vid personliga egenskaper.

Målexamen: Doktorexamen

Information om antagning och anställning 

Endast den som antagits till forskarutbildning får anställas som doktorand. Den sammanlagda anställningstiden får inte vara längre än vad som motsvarar utbildning på forskarnivå på heltid under fyra år. En anställd doktorand kan i begränsad omfattning (högst 20 %) utföra vissa arbetsuppgifter inom t.ex. utbildning och administration. En ny anställning som doktorand gäller för högst ett år, anställningen får därefter förnyas med högst två år i taget. Vid studier som ska avslutas med licentiatexamen får den sammanlagda anställningstiden inte vara längre än vad som motsvarar utbildning på forskarnivå på heltid under två år.

Fackliga representanter

Kontaktuppgifter till fackliga representanter.

Doktorandsektionen (Tekniska högskolans studentkår)

Kontaktuppgifter till doktorandsektionen.

Ansökan 

Du ansöker via KTH:s rekryteringssystem. Du som sökande har huvudansvaret för att din ansökan är komplett när den skickas in.

Ansökan ska vara KTH tillhanda senast sista ansökningsdagen vid midnatt, CET/CEST (Central European Time/Central European Summer Time). 

Ansökan ska ha följande innehåll

• CV med relevanta professionella erfarenheter och kunskaper.
• Ansökningsbrev med en kortfattad redogörelse om varför du vill bedriva forskarstudier, om dina akademiska intressen och hur de relaterar till dina tidigare studier och framtida mål. (Max 2 sidor)
• Kopior av examensbevis och betyg från tidigare universitetsstudier och intyg på uppfyllda språkkrav (se ovan). Översättningar till engelska eller svenska om originaldokumentet inte är utfärdade på ett av dessa språk. Kopior av original ska vidimeras 
• Representativa publikationer eller tekniska rapporter. För längre dokument, bifoga gärna en sammanfattning (abstract) och en webblänk till den fullständiga texten

Övrigt

Strävan efter jämställdhet, mångfald och lika villkor är både en kvalitetsfråga och en självklar del av KTH:s värdegrund

För information om behandling av personuppgifter i samband med rekrytering.

Det kan förekomma att en anställning hos KTH är placerad i säkerhetsklass. Om så är fallet för just denna anställning görs en säkerhetsprövning av sökande i enlighet med säkerhetsskyddslagen (2018:585) efter samtycke. I dessa fall är en förutsättning för anställning att sökande blir godkänd efter säkerhetsprövning.

Vi undanber oss direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av platsannonser.