Skolan för teknikvetenskap vid KTH

Projektbeskrivning

Forskarutbildningsämne: tillämpad matematik och beräningsteknik, inriktning matematisk statistik

Institutionen för Matematik vid Kungliga Tekniska Högskolan söker kandidater till en doktorandtjänst i tillämpad matematik inom ett projekt om maskininlärning för kryoelektronmikroskopi (kryo-EM).

Kryo-EM är en avbildningsmetod för biologiska makromolekyler med hjälp av transmissionelektronmikroskop. Slutrestulatet av denna process är en 3D-rekonstruktion av molekylen med tillräckligt hör upplösning för identifikation av enskilda atomer. Dock så är bilderna från elektronmikroskopet välidgt brusiga och detta måste tas i beaktning under rekonstruktionsprocessen. Detta görs oftast genom insamling av en stor mängd data, ofta med hundratusentals bilder, vilket leder till höra insamlingskostnader. Utöver detta så kan standardmetoder inte rekonstruera mycket små molekyler även med väldigt stora datamängder.

Detta projekt föreslår en ny metod där djupa neuronnät (DNNs) tränas för att reducera brusets effekt genom att använda information om de avbildade molekylerna från olika käller, som tidigare publicerade rekonstruktioner och verktyg som AlphaFold 2. På grund av problemets struktur kommer en central komponent utgöras av ekvivarianta transformernätverk som tillämpas på de brusiga bilderna och kombineras med rekonstruktionsmetoder baserade på invarianter.

För mer information, se: https://people.kth.se/~janden/phd24

Handledning: Joakim Andén föreslås handleda doktoranden. Beslut tas vid antagning

Vi erbjuder

  • Möjligheten att doktorera i en dynamisk, internationell forskarmiljö i samarbete med industrin och framstående universitet världen över Läs mer
  • En arbetsplats med många anställningsförmåner och månadslön enligt KTH: s avtal för doktorandlöner.
  • Forskarutbildning vid ett lärosäte som är aktivt och stöttande i frågor som rör t.ex. arbetsvillkor, jämställdhet och mångfald samt studiemiljö.
  • Arbete och studier i Stockholm med närhet till natur och hav.
  • Doktoranden kommer vara en del av en större grupp av forskare som arbetar på olika aspekter av djupinlärning och kryo-EM på KTH Matematik. Vidare kommer det finnas möjlighet till samarbeten med forskare i Sverige men också internationellt.

Behörighet för antagning

För att bli antagen till forskarutbildning (kap 7 39 § högskoleförordningen) krävs att den sökande har grundläggande behörighet:

  • avlagt en examen på avancerad nivå, eller
  • fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller
  • på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

För särskild behörighet till doktorsprogrammet krävs att den sökandes utbildning på avancerad nivå har en inriktning mot matematik, tillämpad matematik eller beräkningsmatematik i vid mening.

Utöver ovanstående  finns också ett obligatoriskt krav på engelska motsvarande Engelska B/6, läs mer här.

Urval

För att lyckas med dina doktorandstudier på KTH behöver du vara målinriktad och ihärdig i ditt arbete. Vid urval av de sökande bedöms förmågan att:

  • självständigt driva sitt arbete framåt,
  • kunna samarbeta med andra,
  • ha ett professionellt förhållningssätt och
  • analysera och arbeta med komplexa frågor.

Utöver traditionella akademiska meriter, som god fallenhet för matematikstudier, så är ett relevant examensarbete och internationell erfarenhet meriterande.

Då neuronnät är centrala verktyg i projektet kommer erfarenhet i standardramverk för djupinlärning som PyTorch eller TensorFlow att vara meriterande.

Efter behörighetskraven kommer stor vikt läggas vid personliga egenskaper.

Målexamen: Doktorsexamen

Information om antagning och anställning 

Endast den som antagits till forskarutbildning får anställas som doktorand. Den sammanlagda anställningstiden får inte vara längre än vad som motsvarar utbildning på forskarnivå på heltid under fyra år. En anställd doktorand kan i begränsad omfattning (högst 20 %) utföra vissa arbetsuppgifter inom t.ex. utbildning och administration. En ny anställning som doktorand gäller för högst ett år, anställningen får därefter förnyas med högst två år i taget. Vid studier som ska avslutas med licentiatexamen får den sammanlagda anställningstiden inte vara längre än vad som motsvarar utbildning på forskarnivå på heltid under två år.

Fackliga representanter

Du hittar kontaktuppgifter till fackliga representanter på KTH:s webbsida.

Doktorandsektionen (Tekniska högskolans studentkår)

Du hittar kontaktuppgifter till doktorandsektionen på sektionens webbsida.

Ansökan 

Du ansöker via KTH:s rekryteringssystem. Du som sökande har huvudansvaret för att din ansökan är komplett när den skickas in.

Ansökan ska vara KTH tillhanda senast sista ansökningsdagen vid midnatt, CET/CEST (Central European Time/Central European Summer Time). 

Ansökan ska ha följande innehåll

  • CV med relevanta professionella erfarenheter och kunskaper.
  • Ansökningsbrev med en kortfattad redogörelse om varför du vill bedriva forskarstudier, om dina akademiska intressen och hur de relaterar till dina tidigare studier och framtida mål. (Max 2 sidor)
  • Kopior av examensbevis och betyg från tidigare universitetsstudier och intyg på uppfyllda språkkrav (se ovan). Översättningar till engelska eller svenska om originaldokumentet inte är utfärdade på ett av dessa språk.Kopior av original ska vidimeras 
  • Representativa publikationer eller tekniska rapporter. För längre dokument, bifoga gärna en sammanfattning (abstract) och en webblänk till den fullständiga texten

Övrigt

Strävan efter jämställdhet, mångfald och lika villkor är både en kvalitetsfråga och en självklar del av KTH:s värdegrund

För information om behandling av personuppgifter i samband med rekrytering läs mer här.

Anställningen kan komma att omfatta säkerhetskänslig verksamhet. För att bli behörig behöver du därför klara en eventuell säkerhetsprövning.

Vi undanber oss direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av platsannonser.

Anställningsform Tidsbegränsad anställning
Anställningens omfattning Heltid
Tillträde Enligt överenskommelse
Löneform Månadslön enligt KTH:s avtal för doktorandlöner
Antal lediga befattningar 1
Sysselsättningsgrad 100%
Ort Stockholm
Län Stockholms län
Land Sverige
Referensnummer S-2024-0144
Kontakt
  • Joakim Andén, janden@kth.se
Publicerat 2024-01-30
Sista ansökningsdag 2024-03-08
Sök jobbet

Dela länkar

Tillbaka till lediga jobb