Postdoktor inom maskininlärning för kryoelektronmikroskopi - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Arbetsuppgifter

Kryoelektronmikroskopi (kryo-EM) är en kraftfull avbildningsmetod för rekonstruktion av 3D-modeller av biologiska makromolekyler med hjälp av transmissionselektronmikroskop. Även om denna metod nu kan användas för att rekonstruera vissa molekyler till en upplösning där atomer kan börja utskiljas så återstår många utmaningar. En av dessa är den brus. På grund av den låga elektrondosen som behövs för att undvika skador i provet så har kryo-EM-bilder en extremt hög brusnivå, vilket är ett större problem för mindre molekyler som har mindre signalstyrka till att börja med. Som en konsekvens av detta kan bara molekyler över en viss storlek avbildas problemfritt med kryo-EM och mycket stora datamängder krävs för att uppnå en lämplig upplösning hos rekonstruktionen.

Detta projekt söker istället att motverka den höga brusnivån genom att apriorifördelningar på 3D-strukturen hos molekylen. Dessa kommer att läras in från tidigare rekonstruktioner samt strukturer syntetiserade med verktyg som AlphaFold2. Mer specifikt kommer vi att träna djupa neuronnät (DNN) för att skatta olika storheter i beräkningskedjan för kryo-EM-rekonstruktion. Dessa neuronnät kommer alltså att lära sig strukturen hos datan och reducera brusets effekt. Denna metod kommer att möjliggöra rekonstruktioner med högre precision vid högre brusnivåer, vilket kommer att reducera kostnader i samband med datainsamling och tillåta rekonstruktion av mindre molekyler.

Vi erbjuder

• En anställning på ett ledande tekniskt universitet som skapar kunskap och kompetens för en hållbar framtid
• Engagerade och ambitiösa kollegor samt en kreativ, internationell och dynamisk miljö
• Arbete i Stockholm med närhet till naturen

Läs mer om hur det är att arbeta på KTH.

Kvalifikationer

Krav

• Avlagd doktorsexamen eller utländsk examen som bedöms motsvara en doktorsexamen. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas.
• Vetenskaplig skicklighet
• Pedagogisk förmåga
• Medvetenhet om mångfalds- och likabehandlingsfrågor med särskilt fokus på jämställdhet
• Samarbetsförmåga
• Självständighet
• Kunskap och erfarenhet inom Python och djupinlärningsramverk som PyTorch eller TensorFlow

Meriterande

• Vid sista ansökningsdag högst tre år sedan doktorsexamen eller en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen avlades
• Bekant med aspekter av rekonstruktionsproblemet inom kryo-EM
• Erfarenhet med utveckling av störra programvaror (git, paketutvecklig, testning, osv.)
• Erfarenhet med tekniker för optimering av algoritmer

Vi kommer att lägga stor vikt vid personliga egenskaper.

Fackliga representanter

Du hittar kontaktuppgifter till fackliga representanter på KTH:s webbsida.

Ansökan

Du ansöker via KTH:s rekryteringssystem. Du som sökande har huvudansvaret för att din ansökan är komplett när den skickas in.

Ansökan ska innehålla: 

• CV inklusive relevant yrkeserfarenhet och kunskap. Inkludera länkar till mjukvaroprojekt som du har bidragit till
• Kopia av examensbevis och betyg från dina tidigare universitetsstudier. Översättningar till engelska eller svenska om de ursprungliga dokumenten inte utfärdas på något av dessa språk.
• Kortfattad redogörelse för varför du vill bedriva forskning, dina akademiska intressen och hur de relaterar till dina tidigare studier och framtida mål. max 2 sidor lång. 

Ansökan ska vara KTH tillhanda senast sista ansökningsdagen vid midnatt, CET/CEST (Central European Time/Central European Summer Time).

Om anställningen

Anställningen gäller tillsvidare, dock längst två år

En anställning som postdoktor är en tidsbegränsad meriteringsanställning med huvudinriktning mot forskning avsedd som ett första karriärsteg efter disputation.

Övrigt

Strävan efter jämställdhet, mångfald och lika villkor är både en kvalitetsfråga och en självklar del av KTH:s värdegrund.

För information om behandling av personuppgifter i samband med rekrytering läs mer här.

Vi undanber oss direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av platsannonser.